Con el cese de la intervención del gobierno de Fujimori en el año 2000, la UNE recupera su autonomía universitaria y, por ende, la vida académica y administrativa.

El CEPREUNE tuvo como antecedente la academia preuniversitaria que funcionaba en el sede central de la Cantuta, como en Lima, desde 1960 hasta 1980, período en el que se preparaba a los estudiantes para el ingreso a la Escuela Normal Central Superior de Varones y posteriormente a la Universidad Nacional de Educación. La creación y funcionamiento se debe, principalmente, al desfase entre la preparación académica de los egresados de la educación secundaria y la requerida para ingresar a la universidad, así como desempeñarse eficientemente en el transcurso de sus estudios profesionales en el campo de la educación.

Recuperada la autonomía universitaria en el año 2000 con el doctor, Valentín Paniagua, Presidente del Perú, y mediante ley del Congreso de la República se constituyen las comisiones transitorias de gobierno en las universidades públicas intervenidas a fin de recobrar su institucionalidad y la vida democrática. En el caso de la UNE-Cantuta, el doctor Miguel Rolando Vizarraga Rodríguez asume el rectorado, quien durante su mandato expide la Resolución Rectoral No. 0152-2001-R-UNE, de fecha 19 de febrero, mediante la cual se crea el CEPREUNE, a iniciativa de un grupo de profesores de la Facultad de Ciencias Sociales y Humanidades y la Facultada de Ciencias con la finalidad de atender la formación complementaria que requieren los estudiantes y ante el requerimiento de los jóvenes egresados de la educación secundaria que presentan serias dificultades académicas, a fin de contar con una preparación adecuada para competir y alcanzar una vacante en la universidad.

Desde la fecha de su creación en el CEPREUNE han ejercido el cargo de director distintos profesores, siendo el pionero inicial Walter Pomahuacre Gómez y su coordinador Elmer Chuquipoma Vásquez; luego Wilfredo Medina Bárcena, Alejandro Espinoza Dextre, Walter Hernández Alcántara, Vladimiro Del Castillo Narro, Marcelino Páucar Álvarez, Clemente Torres Sotelo, Aurelio González Flores, Rogil Sánchez Quintana,  Willner Montalvo Fritas, Graciela Huatuco Maldonado, Hernán José Espinoza Rojas y Giovanna Sonia Gutierrez Narrea.

En el 2014, terminada la presencia de la Comisión de Orden y Gestión dispuesta por la Asamblea Nacional de Rectores, el 2 de mayo del 2014 se eligen a las nuevas autoridades de la Universidad Nacional de Educación. En efecto se eligen: rector el doctor Vladimiro Del Castillo Narro, vicerrector académico el doctor David Aguilar Berrospi y la vicerrectora de investigación la doctora Lida Asencios Trujillo. Posteriormente, el Consejo Universitario, de fecha 14 de Mayo de 2014, y a propuesta del vicerrector académico encarga al doctor Wilfredo Medina Bárcena de dirección del Centro Preuniversitario, según Resolución No.0028-2014-R-UNE, de fecha 14 de mayo del 2014.